Sim, a Administração pode rejeitar, no todo ou em parte, obra, serviço ou fornecimento em desacordo com as condições pactuadas, todavia, se lhe convier, poderá decidir pelo recebimento, neste caso com as deduções cabíveis (artigo 76 da lei 8.666/93 e artigo 69 da Portaria SEGER/PGE/SECONT Nº 049-R, de 24/08/2010).

Portanto, quando o recebimento do objeto for parcial, o instrumento de formalização (recibo ou termo circunstanciado) deverá ressalvar as condições de sua realização. Neste caso, as implicações decorrentes da (s) ressalva (s) deverão ser consideradas pelo gestor para avaliar as providências a serem adotadas, como glosa no pagamento, aplicação de sanção administrativa e/ou rescisão contratual, quando configurar inexecução do contrato.